В начале XVI века территория Франция в большей мере уже была сформирована. Также были укреплены и догмы французского абсолютизма. В это самое время власть короля возносится до нового уровня: его влияние распространилось на суд и законодательные органы. Короли стали меньше заботится о народе, обложив его непомерными налогами.
В то же время возникает новое течение – протестантство, что повлекло за собой гражданскую войну между новой религией и католичеством. Эти кровавые столкновения происходили вплоть до конца века, когда королем стал Генрих Наваррский, ненадолго примиривший католиков и протестантов.
Борьба разгорелась в 1559 году. Гугенотов представляли разные классы людей, в том числе буржуазия, дворянство, аристократия. Идеи охватили весь юг и юго-запад страны. Наиболее кровавая бойня случилась в ночь на 24 августа 1572 года, и, в честь одноименного праздника, который католики отмечают в этот день, названа Варфоломеевской ночью. Из-за укрепления у власти представителей гугенотов, 24 августа была организована крупнейшая охота на протестантов. Это вызвало цепную реакцию не только в Париже, но и в таких городах как Лион и Орлеан. В результате погибло около 30 тысяч гугенотов, в том числе и их выдающийся представитель – адмирал де Колиньи. После подобных событий Карл IX вынужден был пойти на компромисс и предоставить гугенотам некоторые права и заключить мир.
При короле Генрихе III война разгорелась с новой силой. Сам король был податлив и слабоволен, поэтому никаких особо решительных действий, направленных на примирение, от него ждать не приходилось. Его враги, господа Гизы, находились вне Парижа, его брат, соперник по трону, вел войну с протестантами в Голландии. Гугенотов поддерживала Англия, Шведское королевство, Дания, молодые германские государства. Католиков же поддерживал Папа Римский. Противостояние привело к тому, что 1 августа 1589 года Генриха III убил протестантский монах Клеман. Место короля занял предводитель гугенотов Генрих Наваррский, первый король из династии Бурбонов, став Генрихом IV. Престол ему должен был достаться после смерти короля Карла IX, однако «благодаря» заговору Екатерины Медичи он едва спас свою жизнь бегством.
13 апреля 1598 года он подписал Нантский эдикт и покончил с религиозными войнами. Он утвердил право свободного вероисповедания, предоставил гугенотам право занимать высокие государственные посты. Он посеял задатки «просвещенного абсолютизма» XVIII века. Несмотря на все заслуги и мудрое правления, он был убит в 1610 году католическим фанатиком.
Королевская власть смогла отвоевать свои позиции в Ла-Рошельской войне 1627-1628 гг. После разгрома гугенотов уже в 1685 году король Людовик XIII отменил Нантский эдикт и покончил с деятельностью протестантской веры, тем самым, завершив религиозные войны в стране.